В 1577 г. виллу приобрело семейство Фарнезе, которое поначалу рассчитывало соединить её особым мостом с палаццо Фарнезе, расположенным на другой стороне Тибра. Вилла сохранила имя Фарнезе и в XVIII веке, когда ею владели неаполитанские Бурбоны, сейчас же в ней заседает старинная «академия рысеглазых».